L'unico terminal dell'aeroporto di Heraklion ha un aspetto datato e nella stagione estiva è molto congestionato. Tuttavia, orientarsi non è difficile e le distanze dal check-in agli aerei sono brevi.
Il terminal ha un unico piano terra. La maggior parte di esso è riservata ai banchi del check-in e alle partenze, mentre solo una sezione più piccola all'estrema sinistra serve gli arrivi.
Durante la stagione estiva, preparatevi a un'estrema carenza di posti a sedere e a file per i controlli di sicurezza che possono durare fino a 40 minuti.
Trasferimento tra i voli
L'aeroporto di Heraklion non è un hub di trasferimento e pertanto non dispone di un'opzione di trasferimento diretto attraverso la zona di transito.
Nel caso in cui si effettui un trasferimento a Heraklion per conto proprio, è necessario uscire, effettuare nuovamente il check-in e passare nuovamente i controlli di sicurezza.