Ufficialmente intitolato a Nikos Kazantzakis, l'aeroporto è il più grande di Creta. Durante la stagione estiva è utilizzato da numerosi voli charter, mentre nel resto del tempo è utilizzato principalmente da voli provenienti da Atene e da altre città greche.

L'aeroporto di Heraklion è a prima vista piuttosto vecchio stile e il comfort non è molto in linea con l'operatività attuale.

Nel 2017 è stata presa la decisione finale di costruire un nuovo aeroporto moderno, la cui data di completamento viene costantemente posticipata e che attualmente dovrebbe aprire alla fine del 2026/inizio 2027.

In alternativa, l'aeroporto di Chania può essere utilizzato per viaggiare verso la parte occidentale di Creta.

Da aprile a ottobre, l'aeroporto ospita numerose compagnie aeree da tutta Europa, con voli di linea e charter diretti in ogni angolo del continente.

Le reti di rotte più estese da Heraklion sono gestite dalle seguenti compagnie aeree:

• Aegean Airlines: servizio tutto l'anno più volte al giorno per Atene + voli diretti stagionali estivi per tutta l'Europa.
• Sky Express: servizio tutto l'anno per Atene, Salonicco e altre isole greche + voli stagionali estivi diretti per tutta l'Europa
• Jet2.com: il servizio più frequente per molte città del Regno Unito
• Eurowings: voli per molte città tedesche
• Volotea: voli diretti per Atene, Italia e Francia
• TUI: numerosi collegamenti con il Regno Unito, i Paesi Bassi, il Belgio e la Germania
• easyJet: voli per diverse città del Regno Unito, Francia e Svizzera
• Wizz Air: voli di linea per l'Europa orientale
• Ryanair: numero di voli relativamente limitato rispetto agli altri, ad esempio per Bergamo, Vienna, Berlino o Bruxelles.