Il check-in allo sportello dell'aeroporto è gratuito, ma Cebu Pacific sta cercando di convincere i passeggeri a effettuare il check-in online e di solito solo pochi sportelli sono aperti, quindi ci sono lunghe file.
Ilcheck-in online è disponibile da 72 ore a 4 ore (fino a 2 ore per i voli nazionali) prima della partenza. È sufficiente stampare la carta d'imbarco, se avete bagagli, e consegnarla al banco espresso "Drop-off" dell'aeroporto.
È possibile effettuare il check-in tramite dispositivo mobile scaricando l' applicazione Cebu Pacific.