Nonostante le sue dimensioni ridotte, l'aeroporto di Kaohsiung è servito da due terminal. Gli edifici distano circa 250 metri l'uno dall'altro e si può passare da uno all'altro solo attraverso l'area pubblica esterna su una passerella ben segnalata.

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• Nazionale - gestisce solo i voli all'interno di Taiwan, cioè verso l'isola di Taiwan e le isole minori di Penghu, Kinmen, Matsu (Beigan e Nangan), Qimei, Wang-an
• Internazionale - gestisce tutti i voli al di fuori di Taiwan, compresi i voli per la Cina continentale, Hong Kong e Macao.

Gli orari di apertura di entrambi i terminal sono 5:00-23:00.

Entrambi i terminal sono modernizzati e comodi per i passeggeri. All'interno si trovano numerosi posti a sedere, tra cui comode poltrone con cassetti.

La segnaletica è molto chiara e sempre riportata in cinese e in inglese.

Controllo immigrazione

All'arrivo da una destinazione internazionale, il controllo passaporti viene effettuato presso il terminal internazionale. Le code di solito vanno dai 5 ai 20 minuti.

Prima della partenza si passa anche per il controllo passaporti, ma le code sono di solito molto più brevi e possono durare fino a 5 minuti.

Trasferimento tra i voli

Se state effettuando il check-in per il volo successivo e il vostro bagaglio è destinato alla destinazione finale (o viaggiate solo con il bagaglio a mano), in alcuni casi non dovete lasciare l'area di transito.

• Nazionale <-> Nazionale - nessun controllo, non è necessario lasciare l'area di transito, il trasferimento dura solitamente fino a 10 minuti.
• Internazionale <-> Internazionale - controllo di sicurezza, ma non è necessario lasciare l'area di transito, il trasferimento dura solitamente fino a 15 minuti.
• Internazionale <-> Nazionale - è necessario passare attraverso i controlli di immigrazione e di sicurezza e lasciare sempre l'area di transito, il trasferimento dura di solito fino a 45 minuti