Chania utilizza un unico terminal più piccolo e dall'aspetto moderno, molto facile da navigare. Le distanze dagli aerei sono brevi, ma ci si aspetta una maggiore affluenza nella stagione estiva in un'area relativamente piccola.
Il check-in per i voli in entrata e in uscita dall'area Schengen si svolge in una hall comune. La distribuzione avviene dopo il controllo di sicurezza comune, con alcuni gate dopo il controllo passaporti, mentre altri non lo sono.
Le sale per le partenze e gli arrivi si trovano al piano terra.
L'aeroporto chiude tra l'ultimo e il primo arrivo, di solito l'orario di apertura è dalle 16:00 alle 0:00.
