L'aeroporto di Bilbao è servito da un unico terminal, spazioso e molto ben organizzato. Le distanze sono ridotte e si possono percorrere non più di 150 metri dall'ingresso del terminal all'aereo.
Il piano terra è riservato agli arrivi, mentre il 1° piano ospita i banchi del check-in e l'unico controllo di sicurezza.
L'area di transito è condivisa da tutti i voli. Il controllo passaporti, oltre il quale si trovano i gate di partenza per i voli non Schengen, si trova dopo i controlli di sicurezza vicino al gate B15.
Una mappa interattiva di tutti i terminal è disponibile sul sito ufficiale dell'aeroporto: www.aena.es/en.