Il terminal dell'aeroporto è piccolo e ben organizzato, ma piuttosto datato e piuttosto affollato nei momenti in cui più aerei si incontrano qui.
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Grazie alle sue dimensioni ridotte, l'orientamento dell'aeroporto è molto semplice e le distanze a piedi dall'ingresso agli aerei non superano i 100 metri.
Il controllo dell'immigrazione all'arrivo tende a essere efficiente e le code durano solitamente 10-20 minuti.
Trasferimento tra i voli
Agadir non è tipicamente un aeroporto di trasferimento e se si desidera passare da un volo internazionale a uno nazionale o da un volo all'altro, è sempre necessario lasciare l'area di transito e rifare il check-in.
Un trasferimento nazionale (ad esempio Casblanca - Agadir - Dakhla) è possibile senza lasciare l'area di transito.