L'aeroporto Moi di Mombasa utilizza due piccoli terminal, collegati nell'area pubblica da un breve corridoio coperto (circa 50 metri).

Il terminal più grande serve tutti i voli internazionali, mentre il terminal più piccolo (sulla destra se visto dall'esterno) serve tutti i voli nazionali in Kenya.

I terminal sono piuttosto datati ma molto chiari e le distanze sono ridotte.

Le code per l'immigrazione o i controlli di sicurezza sono solitamente di 20-30 minuti al massimo.

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Trasferimento tra i voli

Mombasa non è un tipico punto di trasferimento, e questo è uno dei motivi per cui l'aeroporto non dispone di strutture per il trasferimento diretto.

È sempre necessario passare attraverso il controllo dell'immigrazione keniota, uscire dall'area di transito e fare nuovamente il check-in.

In ogni caso, è necessario almeno un visto di transito keniota del costo di 20 USD.